Изменения, произошедшие в стране в 1990-е годы, привели к тому, что большое количество предприятий и организаций советского периода прекратили свое существование в результате реорганизаций и банкротств. Документы по личному составу ликвидированных предприятий и организаций зачастую оказывались бесхозяйными, что вело к их утрате.
Постановлением главы администрации Краснодарского края от 03.02.1993 № 27 был создан Краевой архив документов по личному составу, с целью защиты прав и законных интересов граждан, предотвращения утраты документов по личному составу ликвидированных учреждений, организаций и предприятий краевого уровня.
Первоначально архив располагался в арендованном помещении по ул. Химзаводская, 5-А., на территории складских помещений бывшего Управления торговли Краснодарского крайисполкома, а с 1995 года – в арендованном помещении здания НПО «Стройиндустрия» по ул. Старокубанской, 114.
В 1998 году в состав Краевого архива документов по личному составу вошел Объединенный междуведомственный архив при департаменте сельского хозяйства и продовольствия администрации Краснодарского края.
С 2002 года архив размещается в трех зданиях: по ул. Московская, 69 (литер «У», на 1 и 2 этажах 4-х этажного административного здания бывшего завода «Промтехмаш», площадью 1168 кв. метров) и ул. Московская, 69 (литер «Д», площадью 450 кв. метров); также имеется архивохранилище (площадью 172,7 кв. метров), расположенное по ул. Красноармейская, 33 (бывший Объединенный междуведомственный архив при департаменте сельского хозяйства и продовольствия администрации Краснодарского края).
В соответствии с постановлением главы администрации Краснодарского края от 15.10.2001 № 980, приказом начальника управления по делам архивов Краснодарского края от 29.07.2002 № 21 и распоряжением департамента имущественных отношений Краснодарского края от 02.09.2002 № 553 Краевой архив документов по личному составу был переименован в государственное учреждение Краснодарского края (ГУ КК) «Архив документов по личному составу Краснодарского края».
В соответствии с приказом директора архива от 05.05.2005 № 31 сектор информационно-справочной работы был ликвидирован; этим же приказом создан отдел микрофильмирования и реставрации архивных документов.
Постановлением главы администрации (губернатора) Краснодарского края от 07.12.2010 № 1108 «О создании государственных казенных учреждений Краснодарского края путем изменения типа существующих государственных учреждений Краснодарского края, находящихся в ведении управления по делам архивов Краснодарского края» а – с 1 января 2011 года наименование государственного учреждения Краснодарского края «Архив документов по личному составу Краснодарского края» изменено на: государственное казенное учреждение Краснодарского края «Архив документов по личному составу Краснодарского края»; основные цели деятельности и штатный состав архива остались прежние.
В соответствии с постановлением главы администрации (губернатора) Краснодарского края от 16.12.2015 № 1226 «О министерстве культуры Краснодарского края» функции в сфере архивного дела в Краснодарском крае перешли от управления по делам архивов Краснодарского края к министерству культуры Краснодарского края; С 1 января 2016 года управление по делам архивов Краснодарского края в качестве структурного подразделения вошло в состав министерства культуры Краснодарского края; ГКУ «Краевой архив по личному составу», в числе других краевых государственных архивов, непосредственно подчинен министерству культуры Краснодарского края.
В соответствии с постановлением главы администрации (губернатора) Краснодарского края от 04.06.2018 № 315 «О внесении изменений в некоторые постановления главы администрации (губернатора) Краснодарского края» с 24.07.2018 года функции в сфере архивного дела в Краснодарском крае от министерства культуры Краснодарского края переданы администрации Краснодарского края, как уполномоченному органу в сфере архивного дела, в лице управления делами администрации, в структуру которого вошло и управление по делам архивов с подведомственными ему архивными учреждениями Краснодарского края, в том числе ГКУ «Краевой архив по личному составу».
В соответствии с приказом департамента имущественных отношений Краснодарского края № 1065 от 06.06.2019 архиву выделены помещения, площадью 415,5 кв. метров под архивохранилище по адресу: г. Краснодар, ул. Сормовская, 3.